Debug mode: được xây dựng để giúp lập trình viên thử nghiệm game của họ, và thường được xóa bỏ khi đã hoàn thành. Nhưng trường hợp của Shinobi Gaisen, vì lý do gì đó mà Debug mode vẫn còn tồn tại trong game, nên người chơi có thể vào đây để... nghịch và vọc... theo trí tưởng tượng, tưởng bở...
Cách vào Debug mode: trong phần chơi chính và phần Nhẫn thuật Chỉ nam (Ninjutsu shinan), pause game (bằng nút Start) lại, giữ yên L1, R2 và lần lượt nhấn chầm chậm các nút sau: ↑, △, ↓, ×, ←, □、→, ○
- Tới đoạn thả L1, R2 rồi nhấn lần lượt L1, R1, L2, R2. Nghe tiếng “hự” là đã thành công.
Lộn vô hạn: lộn liên tục không hạn chế số lần. Nhấn X đúng lúc khi nhân vật đang lộn. Dễ xảy ra khi lộn từ trên cao xuống thấp.
Đối phó tấn công tầm xa: nhấn □ đúng lúc để chém tên, đạn.
Đi xuyên tường: trong một số điều kiện nhất định, nhân vật có thể đi xuyên tường. Cách dễ nhất là dùng bug nhân vật đi nghiêng người.
Unlock tất cả nhiệm vụ: tại màn hình chọn nhiệm vụ, nhấn giữ đồng △ thời nhấn lần lượt L1、R1、←、↓、→、↑
Unlock tất cả layout địch: tại màn hình chọn nhiệm vụ, nhấn giữ đồng □ thời nhấn lần lượtL1、R1、→、↓、←、↑
Tăng số lượng Nhẫn cụ mang được lên 30: tại màn hình chọn Nhẫn cụ, nhấn giữ △ đồng thời nhấn lần lượt L1、R1、↑、→、↓、←
Unlock tất cả Nhẫn cụ: tại màn hình chọn Nhẫn cụ, nhấn giữ □ đồng thời nhấn lần lượt L1、R1、←、↓、→、↑
Tăng trữ lượng Nhẫn cụ: tại màn hình chọn Nhẫn cụ, nhấn giữ △ đồng thời nhấn lần lượt L1、R1、↑、↓、→、←
Trang phục ẩn của Ayame: chọn Shinobi Yoroi tại màn hình chọn Nhẫn cụ rồi lần lượt nhấn L1、R1、↓、↑、←、→, bộ giáp trở nên hở hang hơn.
Hồi phục thể lực: pause khi đang chơi ở phần chơi chính, nhấn lần lượt L1、R1、→、↓、←、↑
Unlock tất cả các ngôn ngữ: tại màn hình chọn ngôn ngữ, giữ yên □ đồng thời nhấn lần lượt L1、R1、↓、↑、←、→
Điều khiển boss: trong phần Tora no maki, khi vừa bắt đầu nhiệm vụ thì nhấn và giữ yên Start bằng controller 2. Khi boss trong nhiệm vụ xuất hiện thì controller 2 có thể điều khiển.
Unlock nhiệm vụ trong Tora no maki: tại màn hình chọn nhiệm vụ, giữ yên △ và nhấn lần lượt L1、R1、←、→、↓、↑
Unlock nhiệm vụ đặc biệt trong Tora no maki: tại màn hình chọn nhiệm vụ, giữ yên □ và nhấn lần lượt L1、R1、→、←、↑、↓
Tiếng kêu của ám binh: trong màn cuối (ám thành) có xuất hiện ám binh, một loại nhân vật xác chết mặc giáp và có nhiều tiếng kêu quái dị. Thực ra những tiếng kêu này là cụm từ có nghĩa trong tiếng Nhật (dokodat! Mày ở đâu rồi...) được nhà sản xuất ghi âm rồi phát ngược lại.
Tên của con mèo: trong màn Kim Vương tự, có xuất hiện sinh vật đầu mèo tong teo, biết múa và phun lửa. Đây là nỗi ám ảnh của nhiều người từng chơi Tenchū. Tên của sinh vật này là Manji (Vạn tự, chữ vạn). Trong màn cuối cũng xuất hiện một loại sinh vật tương tự nhưng có màu sắc khác, và tên nó là Mōryō (võng lượng).
Diễn xuất: diễn viên motion capture cho nhân vật Rikimaru là Shō Kosugi, một võ sư, diễn viên Nhật Bản thành danh tại Hoa Kỳ qua các vai diễn “Ninja báo thù”. Diễn viên motion capture cho Onikage là Kaine Kosugi, con trai của Shō Kosugi, và cũng thành danh qua các phim Ninja, Super Sentai…